分阶段培养，使”卓越医师-科学家“项目拥有更多可能性---
1、基础阶段：清华底色·夯实基础
1-3年级，依托综合性大学的学科优势，学生在清华大学学习自然科学、人文社会科学、生命科学、医工交叉等通识和基础课程，通过“临床早接触”+“科研早接触”为医学生打好宽厚的人文、科学、理工理论基础。
打破原有医学基础教育的课程结构，通过开展“器官-系统”整合课程实现从基础到临床的贯通式教学，让学生对疾病的发生发展以系统为单元，从基因-分子-细胞到组织-器官-系统进行有序而完整的学习。附属北京清华长庚医院设置特色课程，拓展“临床早接触”，让学生入学后即进入临床观摩，直观感受医学的专业和职业特点，增强对理论知识的感性认识，培养良好的医患沟通和和团队合作意识。
学生进入教授的课题组进行“科研早接触”，在学业初期进行科研渗透，并拓展在工科、数据科学、人工智能、社科等各方面的交叉科研接触和探索，学习科学研究的思维和方法，注重临床思维培养的序贯性，使医学生具备对疾病系统理解能力，奠定医学生多样化发展以及培养医工交叉和转化医学人才的基础。
2、科研阶段：国际视野·科研创新
本阶段中，学生将进行进行为期2年系统而完整的“医学+X学科”科研训练：
根据学生的志趣和积累，为学生创造自由选择的多路径发展机会，学生可自主选择感兴趣的基础医学或临床医学的研究方向，并同时可开展医学与多学科交叉方向的研究（包括医学+文、理、工及医疗管理等）。为未来成长为临床医学家、医学科学家、医学教育家、医政管理家打下重要的基础。
清华在深化、稳定与美澳两家医学院校联合培养的基础上，拓展了更广阔的全球顶尖医学生培养合作平台：如，美国西达赛奈医学中心（Cedars-Sinai Medical Center），英国帝国理工学院，新加坡健保集团（SingHealth）、国立大学医学院、A*STAR研究中心，以及澳大利亚George Institute等国际一流院校与机构，为清华医学生提供国际顶尖的科学研究与丰富的临床训练的机会，为激发个人潜能和创造力提供更广泛的平台。
对成绩优异并具有浓厚研究兴趣，在学习实践中凸显科研能力的学生，可申请进入清华大学MD/PhD一贯制博士培养项目，将2年的科研训练环节进行强化升级至3年，采用“3+3+3”一贯制培养模式，为有志向从事深入科学研究的学生提供更多机会和时间保障。可利用3年时间开展并完成临床课题相关的科研训练，提高学生从临床中发现问题、分析问题、解决问题，及提高将创新型研究成果转化于临床应用中的能力，达到学术水准的学生可同期获得MD/PhD学位，实现培养“多元交叉、复合型人才”的培养目标。
3、临床阶段：复合交叉·临床实践
本阶段中，学生将进行为期3年规范而完整的临床训练：
临床阶段的第一年进行器官系统课程整合，以系统为单位进行完整的临床医学课程学习。第二年深入到内、外、妇、儿等临床科室，进行系统性全面性的轮转实习，提高临床知识技能，提升专业素养。在国内或国际顶尖医疗机构的临床环境中浸润学习，运用科研训练阶段所学拓展与其他学科的交叉融合，医研结合，为解决临床诊疗中遇到的问题开发新思路、新策略。会引入赴海外顶级医疗机构的临床学习轮转机会，加强临床训练的序贯性和标准化，注重学术研究的跨国交流，拓宽国际化视野，培养全球胜任力。
同时提供多元化的临床实习机会：2019年，清华大学医学院与“美国医学院协会”签署申请协议，获得进入“访问学生学习机会”（Visiting Student Learning Opportunities，VSLO）项目的许可，成为中国大陆第一家获得该许可的医学院校。医学院在读临床医学生可通过本项目申请进入VSLO主办成员的医学院或医学中心开展短期临床前接触，申请成功的学生可在美国医疗机构进行临床见习、实习及公共卫生等项目的学习。医学生在临床学习阶段可以申请至清华的合作单位，如美国西达赛奈医学中心（Cedars-Sinai Medical Center）、新加坡国立大学杨潞龄医学院等国际顶尖的医疗机构进行实习、见习。
